Để phòng virus Nipah, Bộ Y tế khuyến cáo người dân đảm bảo vệ sinh thực phẩm bằng cách "ăn chín, uống sôi", rửa sạch và gọt vỏ trái cây trước khi ăn. Không ăn, uống các loại trái cây có dấu hiệu bị động vật (dơi, chim) cắn hoặc gặm nhấm.